Gençaydın, 1965 yılında Gazi Eğitim Enstitüsü Resim-İş Bölümü'nü bitirdi. 1977 tarihinde Berlin Güzel Sanatlar Yüksek Okulu Resim Bölümü'ndeki eğitimini ''Meisterschüler'' ünvanı alarak bitirdi. Gazi Üniversitesi Resim-İş Bölümü'nde ve Hacettepe Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Resim Bölümü'nde görev yaptı.1992 yılında profesör oldu. 1994-1997 yıllarında ve 2000- 2003 yılları arasında iki dönem Güzel Sanatlar Fakültesi Dekanlığı yaptı.

   Sanatçı Zafer Gençaydın'ın eserleri, Ankara Resim Heykel Müzesi, DYO Sanat Galerisi, Anadolu Sanat Galerisi, Hacettepe Üniversitesi Sanat Galerisi, Gazi Üniversitesi Sanat Galerisi ve İstanbul Modern gibi önemli müzelerde yer alıyor. Sanatçı, yurt içi ve yurt dışında karma sergilere katılarak ödüller aldı. 30 kişisel sergi açan Gençaydın'ın 3 kitabı, çok sayıda deneme ve araştırma yazısı yayımlandı.

   ''Hocaların Hocası'' olarak tanınan Zafer Gençaydın'ın cenaze namazı 4 Mayıs Cumartesi günü Ahmet Hamdi Akseki Cami'inde kılınan öğle namazının ardından, Hacettepe Üniversitesi GSF Turan Erol Sanat Galerisi'nde anma töreni düzenlendi. 5 Mayıs Pazar günü memleketi Elazığ Ağın'da toprağa verildi.

   Sanatçımıza rahmet, ailesi, yakınları ve sevenlerine sabır dilerim. Sanat Camiamızın başı sağ olsun.